Cilj igre je, da zberete čim več točk in se uvrstite v naslednjo stopnjo. V igri Vlakec Tomy lahko uporabite spodnje tipke:
smerna tipka za navzgor in navzdol - z njima spremenite smer vožnje (uporabite jih lahko samo na delu kjer skočite oziroma kjer je pot presekana)
tipka SPACE - skok (obvezno morate skočiti pred vsakimi vrati, da jih odprete; tipko SPACE lahko uporabite tudi za skos za bonuse oziroma da poberete dodatne točke)